1、考试方式不同：
在入学时，自考本科没有入学考试，报名自考本科的考生可以在每年的4月、10月参加单科考试，等到所有科目考试成绩都合格后，可申请自考本科毕业，颁发学历证书。
函授本科其实就是成人教育本科。成人教育学习形式分三个类别：脱产，业余，函授。现在一般所说的函授本科指的是成教本科。成教本科严进宽出，学生只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。
2、学制方面不同：
自考本科没有学制方面的限制，只要考完报考专业的所有科目都合格通过即可申请毕业，即一年考完一年毕业，五年考完五年毕业，只要8年内考完就行，相关时间政策根据当年政策情况。
报考函授本科的考生在10月考完后，第二年3月左右注册学籍，两年半毕业，在这两年半期间会有周末或假期集中授课，属于函授。入学后，每学期参加期末考试，学制为2.5年。
3、毕业文凭不同：
自考本科的文凭上盖有两个章，一个是主考院校的章，另一个是当地自考委的章。而函授本科是是各大学的成人教育教学院颁发的，你考上了哪个大学的成教，毕业时就会盖有哪个大学的章。
4、招生对象不同：
报考自考本科的考生不受性别、年龄、民族、种族和已受教育程度的限制，即使只具备初中文凭，也可以报名参加自学考试。函授本科的招生范围包括在职、从业人员和社会其他人员，一般要求高起专、高起本的，必须是获得普高、中专或技校毕业证或同等学历者。专起本的，应具有国民教育系列的专科或专科以上毕业证书。
